Visi Kemantren Kraton sesuai dengan visi Walikota Yogyakarta, yaitu:

Meneguhkan Kota Yogyakarta sebagai Kota Nyaman Huni dan Pusat Pelayanan Jasa yang Berdaya Saing Kuat untuk Keberdayaan Masyarakat dengan Berpijak pada Nilai Keistimewaan

Untuk mewujudkan Visi tersebut Kemantren bertugas untuk melaksanakan misi sebagai berikut:

1. Meningkatkan kesejahteraan dan keberdayaan masyarakat

2. Memperkuat ekonomi kerakyatan dan daya saing Kota Yogyakarta

3. Memperkuat moral, etika dan budaya masyarakat Kota Yogyakarta

4. Meningkatkan kualitas pendidikan, kesehatan, sosial dan budaya

5. Memperkuat tata kota dan kelestarian lingkungan

6. Membangun sarana prasarana publik dan permukiman

7. Meningkatkan tatakelola pemerintah yang baik dan bersih